新疆农业大学马克思主义学院于2017年12月成立，是自治区首批重点马克思主义学院，是新疆农业大学直属的二级教学科研机构。主要承担全校思想政治理论课教学、马克思主义理论专业人才培养、马克思主义理论学科建设、思政队伍建设、科学研究、理论宣讲、学生政治理论素质培养和指导等职能。

学院设有党政办、教学科研办以及习近平新时代中国特色社会主义思想、思想道德与法治、简明新疆地方史教程、马克思主义基本原理、中国近现代史纲要、研究生思政课、形势与政策7个教研室。

学院现有教职工中有教授4人，副教授14人，有自治区教学名师1人、自治区思政课骨干教师2人。

学院牢记立德树人根本任务，秉承农大红色基因，着力培养德才兼备的高层次思政类专门人才。学院拥有马克思主义理论一级学科硕士学位点，下设马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育三个方向。马克思主义理论学科入选校级重点学科。

学院建成自治区一流课程2门，校级一流课程2门，获推荐国家级一流课程1门。获自治区及校级教学成果4项，建课技能竞赛三等奖1项。2人获学校教学标兵，1人获“十佳教学能手”。获国家级教学竞赛二等奖1项、三等奖1项，自治区级教学展示特等奖2项、一等奖7项、二等奖11项、三等奖8项，累计获得省部级教学奖励30人次，校级教学奖励12人次。获批自治区级思政课名师工作室3个，立项自治区级、校级教研教改项目37项。获批自治区教育系统“铸牢中华民族共同体意识研究与实践基”。

学院建有2个全国样板党支部、1个自治区样板党支部、自治区“双带头人”党支部书记工作室、1个学校样板党支部。学院先后荣获自治区教育系统先进基层党组织、自治区党建标杆学院、第二届自治区社会科学普及奖“十佳集体”等荣誉称号。